Athée, Tsipras a manifesté ses convictions en refusant tout caractère religieux à son intronisation comme Premier ministre, du jamais vu en Grèce où n'existe pas la séparation de l'Église et de l'État. Selon Le Monde, il aurait tout de même assuré Iéronymos, l'archevêque d'Athènes, chef de l'Église grecque, que « les relations entre l'Église et l'État seront améliorées et plus efficaces que jamais ».

Et dans sa campagne, il s'est bien gardé de revenir sur l'imposition des biens de l'Église. Interrogé sur les réseaux sociaux au sujet de la séparation de l'Église et de l'État, il s'est contenté de dire qu'une « rationalisation de la relation est nécessaire ». Après sa visite en août dernier au Mont Athos, centre ultra-orthodoxe et réactionnaire, il a récemment accepté l'invitation du même Ieronymos à la fête de l'Épiphanie. Ce comportement lui a valu les critiques de la gauche de son parti, peut-être les voix d'électeurs croyants encore nombreux, et l'approbation d'un professeur de théologie grec, cité par Le Point, considérant que « Syriza d'aujourd'hui n'a rien à voir avec les partis d'extrême gauche, proches du léninisme et anti-cléricaux ».